Efter att ha spenderat dagen på detta är svaret följande:
Wordpress escapes vid $_POST-deklarationen, inte vid själva infogningen, vilket är bisarrt.
$id = stripslashes_deep($_POST['id']); //added stripslashes_deep which removes WP escaping.
$title = stripslashes_deep($_POST['title']);
$message = stripslashes_deep($_POST['message']);
$wpdb->update('table_name', array('id'=>$id, 'title'=>$title, 'message'=>$message), array('id'=>$id));
Att göra detta kommer att innebära att WP inte lägger till snedstreck före några citattecken.