Vanlig praxis är att inkludera ett installationsskript som skapar de nödvändiga tabellerna, så lösning #2 skulle vara rätt väg att gå.
[redigera] Det skriptet kunde ofc bara spela upp en dumpning.;)
Du kanske också är intresserad av migrering:Hur man automatiserar migrering (schema och data) för PHP/MySQL-applikationer