hur kan jag skapa ett taggningssystem med php och mysql?

Du beskriver ett många-till-många-förhållande mellan artiklar och taggar. Du skulle vilja använda en mellanliggande korsningstabell för att lösa det förhållandet.

Nu, för att hitta alla artiklar som matchar en vald tagg:

SELECT a.article_title
    FROM Tag t
        INNER JOIN Article_Tag_Xref atx
            ON t.tag_id = atx.tag_id
        INNER JOIN Article a
            ON atx.article_id = a.article_id
    WHERE t.tag_name = 'SelectedTagName'