Om du vill tillämpa WHERE-satsen på resultatet av UNION, måste du bädda in UNION i FROM-satsen:
SELECT *
FROM (SELECT * FROM TableA
UNION
SELECT * FROM TableB
) AS U
WHERE U.Col1 = ...
Jag antar att TabellA och TabellB är unionskompatibla. Du kan också tillämpa en WHERE-sats på var och en av de individuella SELECT-satserna i UNION, naturligtvis.