Detta relaterar till längden på IN-satsen - och vad som ibland kallas en BUG i MySQL.
MySQL verkar ha en låg tröskel för IN-klausuler, när den kommer att byta till en TABELL/INDEXSKANNING istället för att samla flera partitioner (en per IN-objekt) och slå samman dem.
Med en INNER JOIN tvingas man nästan alltid använda en direkt rad-för-rad i JOIN-samlingen, varför det ibland går snabbare
Se dessa MySQL-manualsidor
Jag kan ha fel eftersom det verkar antyda att IN (constant value list) bör alltid använda en binär sökning på varje objekt...