Jag tycker att du alltid ska använda den högsta abstraktionsnivån som är lättillgänglig. Om dina data är geospatiala, använd sedan geospatiala objekt.
Men var försiktig. Mysql är den sämsta geospatiala databasen som finns. Det är OK för punkter men alla dess polygonfunktioner är helt brutna - de ändrar polygonen till dess avgränsande rektangel och svarar sedan på det.
Det värsta exemplet som drabbat mig är att om du har en polygon som representerar Japan och du frågar vilka platser som finns i Japan, hamnar Vladivostok på listan!
Oracle och PostGIS har inte detta problem. Jag förväntar mig att MSSQL inte gör det och alla Java-databaser som använder JTS som dess motor gör det inte. Geospatial Bra. MySQL Geospatial Bad.
Läs bara här Hur använder du MySQL rumsliga frågor för att hitta alla poster i X-radie? att det är fixat i 5.6.1.
Hurra!