Du måste använda GROUP BY två gånger, först på (user_id, status) från följer för att få räkningar sedan på user_id från sammanfogad tabell till concat:
SELECT users.name, GROUP_CONCAT( CONCAT(f.status, ',', f.cnt) SEPARATOR '|' )
FROM users
JOIN
( SELECT user_id, status, count(id) AS cnt
FROM application_follows
GROUP BY user_id, status ) f
ON f.user_id = users.id
GROUP BY users.id