Som andra sa, du kan inte använda kommandot source i MySQLdb Python API
Så istället för att köra det, ladda filen och kör den
Låt säga att din .sql-fil har
create database test;
Läs innehållet som
sql=open("test.sql").read()
Och kör det sedan
cursor.execute(sql);
Du kommer att få en ny databas "test"