Baserat på din exempeltabell verkar det som att du vill gruppera på product istället för id . Du behöver bara lägga till Size kolumnen till både SELECT listan och GROUP BY
$query = "SELECT
product,
Size,
SUM(Quantity) AS TotalQuantity
FROM inventory
GROUP BY product, Size";
Observera att jag har lagt till ett kolumnalias TotalQuantity , vilket gör att du lättare kan hämta kolumnen från den hämtade raden via den mer förnuftiga $row['TotalQuantity'] , istället för $row['SUM(Quantity)']