Svaret visade sig vara väldigt enkelt. Spring Boot har en DataSource-separatoregenskap som kan ställas in i filen application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Sedan i schema.sql-filen alla ;
satser som inte ingår i den lagrade proceduren måste uppdateras med den nya separatorn.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;