PHP MySQL:Spara PDF till databas

Svaret finns där, i din kod:

// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');

Från dokumentationen :

Så ändra din kod så här:

$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');

och spara den strängen i databasen