AFAIK är det enda sättet att göra inkrementella säkerhetskopieringar genom att använda den binära loggen. Du har andra alternativ om du vill göra fullständiga säkerhetskopior (InnoDB hotcopy), men inkrementell innebär att du måste logga alla gjorda transaktioner.
Du måste fråga dig själv varför du säkerhetskopierar data. Eftersom du har en slav för replikering antar jag att säkerhetskopian i första hand är till för att återställa data i händelse av oavsiktlig radering?
Jag skulle förmodligen rotera loggarna var 1 timme och ta en säkerhetskopia av den. Det betyder att återställning skulle lämna data högst 1 timme gamla, och du kan återställa till vilken tidpunkt som helst sedan den senaste hela ögonblicksbilden.