Jag står inför samma problem som du, problemet uppstår bara när jag använder Opera eller chrome.
För mitt fall har jag en .htaccess att peka allt till indexfilen. Naturligtvis kommer webbläsaren att begära skriptet två gånger, en gång för själva skriptet, den andra är för favicon.
Lösningen: Försök att redigera .htaccess för att förhindra omdirigering till indexfilen när webbläsaren begär favicon.ico