Ja, du kan byta in och ut motorer som begagnade underkläder, om du vill, utan större problem. Ändra det bara i phpmyadmin.
Men jag skulle inte ändra det för att ändra det. Behöver du använda främmande nycklar? Ändra det. Behöver du radnivålåsning istället för bordslåsning? Ändra det.
Det är värt att notera att det också finns goda skäl att använda MyISAM. Ta en titt på FULLTEXT-indexering. Du kan inte göra det med InnoDB.
UPPDATERA
Från och med MySQL 5.6 har FULLTEXT även implementerats för InnoDB-tabeller. Här är manualen .