Varningar är just det:varningar. De rapporteras till (vanligtvis) stderr, men inget annat görs. Du kan inte fånga dem som undantag eftersom de inte uppfostras.
Du kan dock konfigurera vad du ska göra med varningar, och stäng av dem eller gör dem till undantag, med hjälp av warnings modul. Till exempel, warnings.filterwarnings('error', category=MySQLdb.Warning) för att aktivera MySQLdb.Warning warnings i undantag (i vilket fall de skulle fångas med ditt försök/except) eller 'ignore' att inte visa dem alls. Du kan (och borde förmodligen) ha mer finkorniga filter än bara kategorin.