Jag stod inför en liknande situation där InnoDB blev inaktiverad efter en mysql-serveruppgradering. Frågan "visa motorer " visade inte Innodb . Följer denna länk löste problemet för mig.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart