Fungerar tricket att slå in det i en härledd tabell för det här fallet? (Baserat på http://www.xaprb.com/blog/2006/06/23/how-to-select-from-an-update-target-in-mysql/ )
DELETE FROM employee WHERE (empid, empssn) NOT IN
(
SELECT empid, empssn FROM
(
SELECT MIN(empid) AS empid, empssn FROM employee GROUP BY empssn
) X
);
Redigera Japp det verkar fungera i det här slutet.