PDO är lite långsammare än mysql_*Men den har stor portabilitet. PDO ger ett enda gränssnitt över flera databaser. Det betyder att du kan använda flera DB utan att använda mysql_query för mysql, mssql_query för MS sql etc. Använd bara något som $db->query("INSERT INTO...") alltid. Oavsett vilken DB-drivrutin du använder.
Så för större eller bärbara projekt är PDO att föredra. Även zend-ramverket använder PDO.