Det officiella arkivet för PHP har ett skript som heter
docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Du glömde att installera tillägget som behövs för att köra PDO.
Försök att skapa en docker-bild så här:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql