Utan ett index blir det för dyrt att underhålla en autoinkrementkolumn, det är därför MySQL kräver att en kolumn för autoinkrement är en del längst till vänster i ett index.
Du bör ta bort egenskapen autoincrement innan du släpper nyckeln:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL;
ALTER TABLE user_customer_permission DROP PRIMARY KEY;
Observera att du har en sammansatt PRIMARY KEY som täcker alla tre kolumner och id är inte garanterat unik.
Om den råkar vara unik kan du göra den till en PRIMARY KEY och AUTO_INCREMENT igen:
ALTER TABLE user_customer_permission MODIFY id INT NOT NULL PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;