När ska man använda MyISAM och InnoDB?

MyISAM:

MyISAM lagringsmotor i MySQL.

Enklare att designa och skapa, alltså bättre för nybörjare. Ingen oro över utländska relationer mellan tabeller.
Snabbare än InnoDB på det hela taget som ett resultat av den enklare strukturen och därmed mycket lägre kostnader för serverresurser. -- Oftast inte längre sant.
Fulltextindexering. -- InnoDB har det nu
Särskilt bra för läsintensiva (utvalda) tabeller. -- Oftast inte längre sant.
Diskfotavtrycket är 2x-3x mindre än InnoDBs. -- Från och med version 5.7 är detta kanske den enda verkliga fördelen med MyISAM.

InnoDB:

InnoDB lagringsmotor i MySQL.

Stöd för transaktioner (ger dig stöd för ACID egendom).
Låsning på radnivå. Att ha en mer finkornig låsmekanism ger dig högre samtidighet jämfört med till exempel MyISAM .
Begränsningar för främmande nyckel. Tillåter dig att låta databasen säkerställa integriteten för databasens tillstånd och relationerna mellan tabeller.
InnoDB är mer motståndskraftig mot tabellkorruption än MyISAM.
Stöd för stor buffertpool för både data och index. MyISAM-nyckelbuffert är endast för index.
MyISAM är stillastående; alla framtida förbättringar kommer att finnas i InnoDB. Detta klargjordes mycket tydligt med lanseringen av version 8.0.

MyISAM-begränsningar:

Inga främmande nycklar och överlappande raderingar/uppdateringar
Ingen transaktionsintegritet (ACID-efterlevnad)
Inga återställningsmöjligheter
4 284 867 296 radgräns (2^32) -- Detta är gammal standard . Den konfigurerbara gränsen (för många versioner) har varit 2**56 byte.
Högst 64 index per tabell

InnoDB-begränsningar:

Ingen fulltextindexering (under 5.6 mysql-version)
Kan inte komprimeras för snabb, skrivskyddad (5.5.14 introducerades ROW_FORMAT=COMPRESSED )
Du kan inte reparera en InnoDB-tabell

För kortfattad förståelse läs länkarna nedan: