Nya versioner av MySQL WorkBench har ett alternativ för att ändra specifika timeouts.
För mig var det under Redigera → Inställningar → SQL Editor → DBMS-anslutningsavläsningstid (i sekunder):600
Ändrade värdet till 6000.
Också omarkerade gränsrader som att sätta en gräns varje gång jag vill söka i hela datamängden blir tröttsamt.