Nåväl, jag kom äntligen på det - även om detta är lite av en brute force-metod. Inuti administratörsverktygen var jag tvungen att köra catalog.sql och catproc.sql - vilket återskapade sys-objekten.
Detta, följt av utlrp.sql löste alla mina problem, och nu är alla objekt framgångsrikt kompilerade.