Det är ett stort steg du är på väg att ta.
Generellt sett är Java ganska bra på att vara bakåtkompatibel.
Följande är en lista över ändringar som Oracle har listat för varje utgåva:
När det gäller EJB, det finns stora skillnader mellan EJB 1.1 och EJB 3.0 (jag skulle rekommendera 3.1), som verkligen behöver justeras, jag skulle utgå från här .
När det gäller databasen, om du använder strategin för automatisk generering av viloläge, skulle du inte ha problem med skriptet du hade tidigare (jag antar att du hade ett!).
När det gäller applikationsservern antar jag att du inte skulle ha problem med den om den är nyinstallerad, naturligtvis så länge du testar projektmigreringen på den.
Hoppas detta hjälper.