Bortsett från det uppenbara rådet att bara lagra varje fil som en separat BLOB ...
Jag tycker att du har två val. Lagra antingen längden på varje fil någonstans, och använd den för att kontrollera mängden data du läser från BLOB; eller sätt något avgränsningsvärde i BLOB mellan filerna. Avgränsaren verkar vara ett sämre val för mig - du måste välja ett värde som garanterat inte finns i fildatan, och du måste läsa enkla byte för att hitta avgränsaren.
Så förvara längderna. Och förmodligen filnamnen. Vilket innebär en underordnad tabell med en rad per fil. Vilket för oss tillbaka till frågan -- varför inte bara lagra en BLOB i var och en av dessa rader, en per fil?