Jag hittade en fungerande lösning på problemet (åtminstone fungerade det för mig med JDev 12.1.2.0 men jag tror att det borde fungera på 11.x också):
Lägg till följande rad i jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) och starta om JDeveloper:
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8