Jag märkte att detta började hända mig idag, en tid efter att jag redan hade uppdaterat till .NET Core 3 för mitt projekt och inte hade några problem. Det visar sig att standardställningen som används när du lägger till en tom mvc-styrenhet via lösningsutforskaren kommer att lägga till referenser till EF Core 3 i ditt webbprojekt. Jag använder inte EF Core i våra produktionswebbprojekt. För mig var det en konflikt med testprojektet vi använder som använder en annan version av EF Core för lite databasmockning.
Hur som helst, för närvarande kommer jag bara inte lägga till kontroller via studioalternativen så att det inte händer.