Som du kanske förväntar dig finns det några eclipse-plugins som kan göra detta. Lera är min personliga favorit. Det fungerar snabbt och med lite krångel.
Det finns ingen verklig fördel jämfört med MS Visio Pro, förutom kostnaden (gratis). Båda producerar en fil i ett eget format, och det bästa du kan göra för att dela med dem som inte har verktyget är någon form av export till en bild. Så inte idealiskt.