Två saker - 1) du ansluter till din PostgreSQL-instans med den konfiguration som Heroku tillhandahåller i miljön. Använd bara:
import os
SQL_ALCHEMY_DATABASE_URI = os.environ['DATABASE_URL']
Miljövariabeln DATABASE_URL kommer att fyllas i av Heroku och har anslutningsinformationen (värd, användarnamn, lösenord, databas).
2) Heroku-filsystemet är flyktigt , och kvarstår inte mellan dyno-omstarter. Det är därför din sqlite databasen försvinner.