Jag fick en idé från SQLAlchemy func.count på boolesk kolumn
.having(func.count(case([(company_map.STATUS, 1)])) < func.count(company_map.C_ID))
Om din SQLAlchemy är den senaste versionen, kan du använda
.having(func.count(1).filter(company_map.STATUS))
som är renare än den gamla.