JPA genererar dubbletter av nycklar

Du bör använda GenerationType.IDENTITY för att generera pdfid använder automatisk ökning istället för GenerationType.AUTO för FileDetail enhet.

@Entity
public class FileDetail implements java.io.Serializable{
    @Id
    @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY)
    private Long pdfId;
}

GenerationType.IDENTITY