Ef core 5 många till många filter

Du blandar filtrerad inkludering med entitetsfiltrering.

Filtrerade inkluderar

.Include(m => m.Roles.Where(r => roles.Contains(r.Name)))

filtrerar bara objekten i den relaterade samlingen (menyroller i det här fallet).

För att filtrera entitetsuppsättningen (menyer i det här fallet) måste du ersätta den med den vanliga Where oparator, vilket för den önskade filtreringen kommer att vara

.Where(m => m.Roles.Any(r => roles.Contains(r.Name)))