Det låter som att problemet är att du har tomma strängar i din tabell. Du måste hantera dessa, förmodligen med en fallbeskrivning, som:
execute %{ALTER TABLE "table1" ALTER COLUMN columnB TYPE integer USING CAST(CASE columnB WHEN '' THEN NULL ELSE columnB END AS INTEGER)}
Uppdatering:helt omskriven baserat på uppdaterad fråga.