Det gick inte att hitta kolumn med logiskt namn

I ProjectLevel2Repository du har en mappning mot ProjectRepository med en @JoinColumn heter projectlevel1id som inte finns. Från det du beskriver bör detta mappas till ProjectLevel1Repository

@ManyToOne
@JoinColumn(name="projectlevel1id", referencedColumnName = "projectlevel1id")
@JsonIgnore
private ProjectLevel1Repository projectlevel1;