Anledningen var ganska enkel. Jag ringde EnsureCreated
i Startup.cs
som kom i konflikt med migreringarna eftersom de fungerade på ett annat sätt. Tack och lov gjorde EF Core-ägare det klart för mig på GitHub.
Så för att sammanfatta - om du vill använda Migrations kan du inte använda EnsureCreated.