Flyway fungerar alltid inom databasen som används i jdbc-anslutningssträngen.
När de är anslutna körs alla skript inom en transaktion. Eftersom CREATE DATABASE inte stöds i transaktioner kommer du inte att kunna åstadkomma det du vill.
Vad du däremot kan göra är att skapa ett schema istället. Flyway kommer till och med att göra detta åt dig, om du riktar den mot en icke-existerande.