Jag misstänker att du stött på samma problem som jag gjorde. Jag korrigerade alla mina paket via API:et så att de alla angav att de var DTS:ProtectionLevel="0" som är oskyddad.
Projektfilen (.dtproj) har också en skyddsnivå som ställs in på DontSaveSensitive. <SSIS:Project SSIS:ProtectionLevel="DontSaveSensitive" xmlns:SSIS="www.microsoft.com/SqlServer/SSIS">
Missmatchen för mig var att inuti projektfilen håller den reda på alldeles för mycket information om varje paket så om du scrollar ner kommer du att se en post per paket som<SSIS:Property SSIS:Name="ProtectionLevel">3</SSIS:Property> eller vad standardnumret nu är. Gör det till 0 i filen (sök och ersätt). Spara projektfilen så kommer den nu att byggas.
Du kan behöva utföra en Build All för att få den att byggas. Jag misstänker att VS/SSDT försöker använda den extra data som den lagrar i .dtproj-filen för att avgöra om den behöver validera alla paket i ett projekt. Eftersom vi handredigerade filen, löste den inte ut vilken sensor som normalt skulle vändas för att signalera att en fullständig omkompilering behövdes.