Du kanske måste använda den arkaiska syntaxen med nH, t.ex.:
np:\\.\pipe\LOCALDB#ABB78D50\tsql\query
(För lite bakgrund om varför denna syntax ibland krävs för anslutningssträngar, se det här tipset på mssqltips.com för SQL Server 2012 och det här tipset för mer moderna versioner.)
Jag inser att detta inte är ett idealiskt svar, men tills nHibernate-uppdateringar för att officiellt stödja SqlLocalDb kan det vara ditt enda val... förhoppningsvis har jag fel och någon har kommit på ett mer elegant sätt att ansluta.