Jag har aldrig haft problem med prestandan på flera nollkolumner, inte ens på databaser i 100-tals spelningar. Jag föreställer mig att du kan få problem om du kör index på dessa fält och sedan använder null i frågan, men jag har personligen inte sett detta som ett problem. Återigen, jag har inte skapat databastabeller där alla fält utom 3 var nullbara.
Å andra sidan ser jag ett arkitekturproblem när det mesta av data är null. det allmänna skälet är antingen a) en felaktigt normaliserad databas eller b) ett försök att tillåta användare att placera data i sluttabellen snarare än att skapa separata tabeller för att "bygga" data innan de övergår till databasen.
Det är upp till dig att bestämma den bästa arkitekturen för din databas.