Efter mycket justeringar och sökningar och en hel del felsökning i mörkret, bestämde jag mig till slut att detta är ett ODBC-drivrutinproblem.
Närmare bestämt använde jag en drivrutin som laddats ner från Microsoft, som förmodligen är utformad för att fungera med PHP och unixODBC på RHEL/CentOS6. Den är känd som "Microsoft ODBC Driver 11 for SQL Server" i sin egen README-fil och kommer i en fil som heter msodbcsql-11.0.2270.0.tar.gz . (Dessa uppgifter tillhandahålls till förmån för alla andra som försöker göra samma sak)
I ljuset av min erfarenhet gör jag det inte rekommenderar denna drivrutin.
Jag laddade ner, kompilerade och installerade den senaste "stabila" versionen av FreeTDS istället. Om det spelar någon roll för dig är versionen jag fick 0.91 (nedladdningsfilen säger inte detta, men den packas upp i en katalog med detta nummer). Detta hade/har sina egna mindre konfigurationsproblem, men verkar i slutändan fungera mycket bättre än den drivrutin som tillhandahålls av Microsoft. Jag vet inte om detta fortfarande aktivt underhålls, eftersom de senaste tidsstämplarna i distributionen var den 17 augusti 2011.
Dumma mig som tänker att jag ska använda Microsoft-drivrutinen för att komma åt en Microsoft-databasserver och förvänta mig att den faktiskt gör vad den säger att den kommer att göra.