Detta är en gissning, men om du har dubbla värden för FTE värde så finns det ingen garanti för vilken ordning de kommer ut i varje gång koden körs. SQL Server ändrar förmodligen frågeplanen mellan när du gör en enkel SELECT och en SELECT med WHERE kriterier, vilket gör att en annan ordning kommer ut och vad du ser.
Jag skulle lägga till PK i slutet av din ORDER BY bara för att säkerställa att beställningen alltid är konsekvent.