Jag skulle fortfarande använda SqlBulkCopy för att snabbt kopiera dina data från den externa filen till en uppställningstabell som har samma (platta) struktur som filen (du måste skapa den tabellen i förväg)
När den väl har laddats kan du dela upp data över flera tabeller med hjälp av t.ex. en lagrad procedur eller något - borde vara ganska snabbt eftersom allt redan finns på servern.