Det är inte exakt klart vad du försöker göra här men du kan skapa en identifierare på varje rad som liknar denna:
SELECT Id, 'M' as tbl
FROM MD_Master
UNION ALL
SELECT Id, 'P' as tbl
FROM CD_Personal
Detta gör att du kan skilja mellan varje rad genom att se vilken tabell posten kom från. Sedan om du har poster med samma ID
du kommer att veta vad bordet kommer ifrån.