Till slut kom jag på lösningen på problemet. I min fråga ovan sa jag att jag bara har en enda edmx-fil i mitt projekt. Det är sant i en mening. Men fel i den andra meningen.
Jag använder git för att hantera min kod. Jag skapade en annan edmx-fil i ett annat projekt och använde det projektets referens i mitt huvudprojekt.
Sedan bytte jag git-gren med dll i .gitignore. De dll-filer som fanns i .gitignore kunde inte ersättas av git med den nyligen bytta grenens dlls. Så jag hade två referenser av edmx-filer i mitt projekt med färdigbyggda dll-filer.
Problem löst när jag noggrant kollade min bin-mapp och tog bort dll-filen som faktiskt inte tillhörde den nuvarande git-grenen.
Jag hoppas att det kommer att hjälpa dig.Kommentera här om något inte är klart.Tack