MERGE är i allmänhet snabbare eftersom det finns färre DML-operationer, och det är också det rekommenderade tillvägagångssättet från dokumentationen. Med det "traditionella" sättet bearbetar du tabellerna två gånger - en gång för att kontrollera existens och en gång för att köra din DML. Med MERGE är allt inkapslat med en operation - därav en uppsättning lås utfärdade, en uppsättning loggning, etc. etc.
Det är dock ganska subjektivt vad dina frågor faktiskt gör. Du borde förmodligen ta en titt på Optimera MERGE Statement Performance> på MSDN.