Om någon annan stöter på det här problemet:
Det ser ut som att det finns ett alternativ att göra detta 2008; det var inte uppenbart för mig eftersom databasen uppgraderades från 2005 där jag inte tror att detta var ett alternativ.
Det första du behöver göra är att ställa in kompatibilitetsnivån till 2008:
ALTER DATABASE [MyDatabase] SET COMPATIBILITY_LEVEL = 100
Sedan, när du skapar fulltextindexet genom guiden, finns det ett steg som låter dig ignorera stoppord för indexet
edit:Här är skriptet för att göra det också:
ALTER FULLTEXT INDEX ON MyTable SET STOPLIST = OFF