Radnumret utvärderas inte på varje rad, men fallsatser är så att du har fastnat med radnumret oavsett vilket fall.
Prova detta istället:
ROW_NUMBER() OVER (
ORDER BY
CASE WHEN @orderby = 0 AND @orderdir = 1 THEN ne.[time] END DESC,
CASE WHEN @orderby = 0 AND @orderdir = 2 THEN ne.[time] END ASC,
CASE WHEN @orderby = 1 AND @orderdir = 1 THEN ne.lastedit END DESC,
CASE WHEN @orderby = 1 AND @orderdir = 2 THEN ne.lastedit END ASC,
CASE WHEN @orderby = 2 AND @orderdir = 1 THEN ne.title END ASC
CASE WHEN @orderby = 2 AND @orderdir = 2 THEN ne.title END DESC
)