För ubuntu (jag använde ubuntu 12.04), kan standardkonfigurationen för phpmyadmin apache hittas på /etc/phpmyadmin/apache.conf
Du kan öppna den genom att skriva sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf och ändra den tredje
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Glöm inte att starta om apache-tjänsten,
sudo service apache2 restart