Här är svaret ifall någon söker och hittar sidan.
Felet orsakades av att gammal data fanns i webbläsarens cache och i cookies. Jag rengjorde min webbläsares cache, tog bort alla domäncookies och sessionscookies och det försvann.
Jag stötte på en fruktansvärd bugg i konfigurationen av avancerade funktioner:
Byggtabellsskripten kräver skapandet av tabeller med formen "pma__tabellnamn" medan konfigurationsskriptet vill ladda tabeller med formen "pma_tabellnamn". Skillnaden är inte direkt uppenbar, men byggfilens sql-skript har två understreck. PhpMyAdmin skulle klaga på att tabellen redan existerade och skulle inte bygga tabellen. Gjorde mig galen tills jag hittade ett inlägg om detta.
Jag sökte efter "pma__" och ersatte alla med "pma_" och körde skriptet för byggtabeller och allt ordnade sig.
PhpMyAdmin 4.3.6 fungerar nu smidigt på mitt lokala system.
Ursäkta det falska larmet, men felmeddelandet skickade mig åt fel håll.