du bör inte använda phpmyadmin för detta, du bör använda mysqldump. från kommandoraden dess
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
från ett php-skript
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
detta är lätt att automatisera med en cronjob